Es wird angenommen, dass die Schwaaner Mühle bereits seit dem 13. Jahrhundert existiert. Sie wurde im Auftrag der Fürsten von Mecklenburg zur Stärkung ihrer Macht gebaut. Da mehrere verheerende Brände die Stadt im 16., 17. und 18. Jahrhundert heimsuchten und fast die ganze Stadt vernichteten, sind Berichte und Zeugnisse aus der damaligen Zeit leider verloren gegangen. Die ältesten Schriften, die im direkten Zusammenhang mit der Wassermühle stehen, liegen erst aus dem Jahre 1602 vor.

In der jetzigen Form ist das Gebäude um 1791 als Fachwerkbau errichtet worden, die dendrochronologische Untersuchung der Dachbalken ergab, dass das verwendete Holz im Jahr 1791 geschlagen wurde. Vermutlich handelte es sich um eine Erweiterung oder um eine Erneuerung der vorhandenen Anlagen. 1850 wurde die Mühle mit allen Rechten aus landesherrlichem Besitz für 17.000 Taler an die Stadt Schwaan verkauft. Die Straßenseite des Gebäudes war ursprünglich auch als Fachwerk ausgebildet und wurde vermutlich mit dem Verkauf durch das jetzige Ziegelmauerwerk ersetzt. Die teilweise geringen Wasserstände der Beke zwangen immer wieder einige Mühlenpächter zur Aufgabe. Später wurde zusätzlich ein Dieselmotor zum Antrieb bei Wasserknappheit genutzt. Bis 1955 wurde aber noch mit Hilfe der Wasserkraft in der Schwaaner Mühle gemahlen.

Nach dem 2. Weltkrieg verlor die Mühle an Bedeutung und wurde Mitte der 60er Jahre auf Futtermittelproduktion für die Landwirtschaft um-gestellt. Zur gleichen Zeit wurde auch das Wasserrad mit dem Radschuppen am Giebel des Gebäudes abgerissen. Der Mühlenteich und der Mühlengraben waren zuvor bereits zugeschüttet worden. Bis Mitte der 80er Jahre wurde das Gebäude von einer Genossenschaft für die Futtermittelherstellung genutzt. Danach fand man keine Verwendung mehr für das Haus. Lediglich die ehemaligen Zimmer des Müllers waren noch bis 1999 bewohnt.